Osmanlı Devleti’nin İtalya ile savaşından yararlanan Balkan Devletleri de (Bulgaristan, Sırbistan, Yunanistan ve Karadağ) Türklere savaş açınca iki cephede birden savaşacak gücü olmayan Osmanlı Devleti, İtalya ile anlaşma yapmayı kabul etmiştir. 15 Ekim 1912’de imzalanan Uşi Antlaşması’yla Osmanlı Devleti, Kuzey Afrika’daki son toprak parçası olan Trablusgarp’ı İtalya’ya bırakmak zorunda kaldı.
Mustafa Kemal ve diğer subaylar Balkan Savaşı’nın çıkması üzerine ülkeye geri çağrılmıştır (24 Ekim 1912). Ancak, Libya’ya kolağası (Kıdemli Yüzbaşı) rütbesiyle giden Mustafa Kemal, ülkesine döndüğünde omuzlarında binbaşı rütbesini taşıyacaktır. Çünkü O, Trablusgarp’a gittikten yaklaşık bir ay sonra, 27 Kasım 1911’de binbaşılığa terfi etmiştir.
Balkan Savaşı’nın başlaması üzerine ülkesine dönmek ve bu yeni savaş alanında görev almak isteyen Mustafa Kemal, Avrupa yoluyla Romanya üzerinden İstanbul’a geldi (20 Kasım 1912). Memleketine döndüğünde ne yazık ki düşman ordularını İstanbul’un eşiğinde bulmuştur. Selânik dahil bütün Batı Trakya, hatta Edirne düşman eline geçmiş, ordumuz Çatalca’ya kadar geri çekilmek zorunda kalmıştır. Mustafa Kemal için bu çok üzücü bir olay idi. Çünkü doğduğu ve zengin topraklarının yeşilliği içinde büyüdüğü, kulağında henüz türkülerinin sesleri çınlayan o eşsiz Makedonya ve Selanik, düşman eline geçmiştir.
O, Trablusgarp’tan dönünce İstanbul’da Babıâli Caddesi’nde Meserret Kahvehanesi’nde birkaç asker arkadaşına rastladı. İstemeye istemeye ve selâm bile vermeyerek yanlarına gitti. Selanik’ten söz açarak:
“Nasıl bıraktınız? O güzel Selânik’i düşmana nasıl teslim ettiniz? Hele bu kadar ucuza!” diyordu.
Mustafa Kemal’e göre Selanik savunulabilirdi. O, böyle bir tehlikenin varlığını çok önceden sezinlemiş olduğundan, asker arkadaşlarından politikayı bırakmalarını, askerlik işleriyle uğraşmalarını istiyordu. Gerçekten onun söylediklerine uyulmuş olsaydı, Rumeli elimizden çıkmazdı.
Mustafa Kemal, Trablusgarp’tan yurda döndüğünde önce Genel Karargah emrine verildi (20 Kasım 1912). Daha sonra Gelibolu’da bulunan Bahr-i Sefid (Çanakkale) Boğazı Kuvâ-yi Mürettebesi Komutanlığı Harekât Şubesi Müdürlüğü’ne atandı (25 Kasım 1912). Bu kuvvetin adı daha sonra Bolayır Kolordusu olunca Mustafa Kemal de Kolordunun Kurmay Başkanlığı’na getirildi. Kolordunun ayrıca komutanı olmadığı için komutanlık görevini de yapmakta idi.
Mustafa Kemal, bu görevde bulunduğu sırada, Birinci Balkan Savaşı çok ağır bir yenilgiyle sonuçlanmıştı. Bu arada İstanbul’da İttihat ve Terakki Partisi bir hükümet darbesi düzenleyerek (23 Ocak 1913) Kâmil Paşa Hükümeti’ne son vermiş, onun yerine Mahmut Şevket Paşa Hükümeti’ni kurdurarak yönetime sahip olmuştur. Bir müddet sonra yeni yönetim için şanslı bir gelişme olur. Bu, Edirne’nin kurtarılmasıdır. Birinci Balkan Savaşı’nı kazanan devletlerin aralarında çıkan toprak anlaşmazlığı yüzünden, bu defa Bulgaristan’ın karşısında birleşmişlerdir.. Bulgarlar, birçok cephede birden savaşmak zorunda kaldılar ve cephelerde yenilmeye başladılar. Bulgaristan’ın içinde bulunduğu güç durumu iyi değerlendiren İttihat ve Terakki yöneticileri, Mustafa Kemal’in Kurmay Başkanlığı’nı yaptığı Bolayır birliklerinin de katıldıkları Çatalca Ordusu ile Edirne’ye doğru bir saldırı düzenlemiştir. Amaç, Edirne’yi kurtarmaktır. Bulgarlar bu saldırıya karşı koyamazlar ve Türk kuvvetleri Edirne’ye girer (23 Temmuz 1913). Bu kente giren ilk kuvvet Mustafa Kemal’in Kurmay Başkanlığı’nı yaptığı Bolayır birlikleridir. Bu gerçeğe rağmen parti yöneticileri, Edirne’ye giren ilk kişinin Enver Bey olduğunu açıklayarak, onu Edirne Fatihi ilân edecektir.
Mustafa Kemal, bütün bu gelişmeleri her geçen gün artan bir endişe ile izleyecek, olayların koskoca bir İmparatorluğu hızla sona yaklaştırdığını çevresindeki dostlarına ve bu arada Edirne’nin geri alınışından sonra İstanbul’da aynı evde kaldığı Fethi Bey’e tekrar tekrar anlatacaktır. Onun bu gerçekçi tavır ve düşünceleri yönetimin hoşuna gitmediğinden bir defa daha İstanbul’dan uzaklaştırılarak Sofya’ya askerî ateşe olarak atandı (27 Ekim 1913).