Bekir Çavuş, Milli Mücadele döneminde Şark cephesinde Kazım Karabekir komutasında görev yaptığı sırada, Atatürk’ün Erzurum Kongresi münasebetiyle Erzurum’a gelmesi üzerine Kazım Karabekir Paşa tarafından Atatürk’ün maiyetine verilmiştir.
Bekir Çavuş, Erzurum Kongresi’nden 1936 yılına kadar Atatürk’ün yakın koruma hizmetini devam ettirmiştir. Çankaya Köşkü’nün yönelik saldırı girişiminde Atatürk’ün otomobili ile Çankaya Köşkü’ne gelen Bekir Çavuş, kurşunla yaralanmış, kurşunlardan bir tanesi omuriliğinde kalmıştır.
Atatürk, kendisini Viyana’ya tedavi için gönderse de o kurşun çıkarılamamıştır. Yıllar sonra 1956 yılında omuriliğindeki kurşunun da etkisiyle rahatsızlanan Bekir Çavuş, 1960 yılında vefat etmiştir.